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Module MED: Guide de développement du composant MEDCalc

Le composant logiciel MEDCalc est un élément du module MED. Il fournit une interface utilisateur pour la manipulation de maillages et de champs, composée d’une interface texte (TUI) et d’une interface graphique (GUI). L’interface graphique constitue l’interface graphique du module MED.

Ce document est la documentation technique du composant MEDCalc. Il fournit les instructions à suivre pour installer le composant en vue d’un travail de développement, puis décrit les éléments de conception.

Mise en place de l’espace de développement

Gestion de configuration du composant MEDCalc

Le composant logiciel MEDCalc est un package du module SALOME MED, hébergé dans l’espace source au niveau du sous-répertoire src/MEDCalc. La gestion des fichiers sources est donc intégrée dans le module SALOME MED.

Organisation des sources du composant MEDCalc

Le répertoire source src/MEDCalc distingue les sous-répertoires suivants:

  • cmp: package containing the SALOME components
  • tui: package containing the python user interface
  • gui: package containing the graphical user interface (the GUI part of the MED module)
  • res: resources files associated to the MEDCalc package (icons, config files, data files, ...)
  • exe: additional executable programs that can be launched from the MEDCalc framework

Construction du composant MEDCalc

Intégré à la construction du module MED. Le composant MEDCalc dépend de MEDCoupling et MEDLoader uniquement.

Exécution des tests unitaires du composant MEDCalc

Les tests unitaires peuvent être exécutés au moyen de scripts python lancés depuis une session shell SALOME. Dans un nouveau shell, taper:

$ ./appli/runSession
[NS=mars:2810]$ python appli/bin/salome/med/test_medcalc_components.py

L’exécution imprime un rapport détaillant le résultat pour chaque fonction de test:

test_Calculator_applyFunc (__main__.MyTestSuite) ... ok
test_Calculator_basics (__main__.MyTestSuite) ... ok
test_MEDDataManager_getFieldListInFieldseries (__main__.MyTestSuite) ... ok
test_MEDDataManager_getFieldseriesListOnMesh (__main__.MyTestSuite) ... ok
test_MEDDataManager_getMesh (__main__.MyTestSuite) ... ok
test_MEDDataManager_getMeshList (__main__.MyTestSuite) ... ok
test_loadDatasource (__main__.MyTestSuite) ... ok
test_getDataManager (__main__.MyTestSuite) ... ok
test_getFieldHandlerList (__main__.MyTestSuite) ... ok
test_getFieldRepresentation (__main__.MyTestSuite) ... ok
test_markAsPersistent (__main__.MyTestSuite) ... ok
test_saveFields (__main__.MyTestSuite) ... ok
test_updateFieldMetadata (__main__.MyTestSuite) ... ok

Les scripts de test sont installés dans le répertoire bin/med. On trouve:

  • test_medcalc_components.py: test les composants SALOME développés pour la manipulation de champs (MEDDataManager et MEDCalculator).
  • test_xmed_fieldOperations.py: test des operations de champs telles qu’elles sont mises en oeuvre depuis l’interface textuelle.
  • test_xmed_uiEventListener.py: test du système de notification d’évènements des composants vers la partie gui du module MED.
  • test_xmed_visualisation.py: test du système de visualisation des champs tel que piloté depuis le module MED.

Architecture du module XMED

Le module MED pour la manipulation de champs est composé de:

  • une bibliothèque de fonctions pour le traitement de données sur des maillages et des champs conformes au modèle MED (package MEDCoupling, MEDLoader et REMAPPER);
  • une interface graphique pour la mise en oeuvre des cas standard de manipulation de champs;
  • une ensemble d’outils pour intervenir sur des fichiers au format MED.

Une bibliothèque de fonctions pour le traitement de données

La figure ci-dessous montre la structure des paquets logiciels qui constituent la bibliothèque:

_images/medlayers1.png

Elle comprend en particulier les paquets suivants:

  • MEDCoupling: qui décrit les structures de données pour porter les maillages et les champs
  • MEDLoader: qui fournit les fonctions de persistence sous forme de fichiers au format MED (lecture et écriture).
  • REMAPPER:

Il est important de noter que MEDCoupling n’a aucune dépendance logicielle autre que la bibliothèque C++ standard. Ceci permet d’envisager son implantation dans un code de calcul ou un outil de traitement sans tirer l’ensemble pré-requis de SALOME.

Une interface graphique pour l’exécution des cas standard

Un ensemble d’outils pour le traitement de fichiers

Description des composants

MEDDataManager - Le gestionnaire des données de session

Le composant MEDDataManager s’occupe de fournir les données MED sur demande des interfaces clientes, en particulier pour module de pilotage fieldproxy.py. Ces données peuvent avoir plusieurs sources, en général elle proviennent d’un fichier au format med contenant des champs définis sur des maillages. Les données sont identifiées à la lecture des métadonnées de description dans le fichiers med, puis les valeurs des champs et les maillages support sont chargés au besoin.

Le chargement des métadonnées de description se fait par la méthode:

loadDatasource(const char \*filepath)

Eléments d’implémentation

Ecrire un service CORBA qui retourne une sequence de FieldHandler:

MEDCALC::FieldHandlerList * MyFunction(...) {
  vector<MEDCALC::FieldHandler*> fieldHandlerList;
  ...

  fieldHandlerList.push_back(fieldHandler);

  // Map the resulting list to a CORBA sequence for return:
  MEDCALC::FieldHandlerList_var fieldHandlerSeq = new MEDCALC::FieldHandlerList();
  int nbFieldHandler = fieldHandlerList.size();
  fieldHandlerSeq->length(nbFieldHandler);
  for (int i=0; i<nbFieldHandler; i++) {
    fieldHandlerSeq[i] = *fieldHandlerList[i];
  }
  return fieldHandlerSeq._retn();
}

Ecrire un service CORBA qui retourne une structure CORBA:

MEDCALC::FieldHandler * fieldHandler = new ...
_fieldHandlerMap[fieldHandler->id] = fieldHandler;

// >>> WARNING: CORBA struct specification indicates that the
// assignement acts as a desctructor for the structure that is
// pointed to. The values of the fields are copy first in the new
// structure that receives the assignement and finally the initial
// structure is destroyed. In the present case, WE WANT to keep
// the initial fieldHandler in the map. We must then make a deep
// copy of the structure found in the map and return the copy. The
// CORBA struct specification indicates that a deep copy can be
// done using the copy constructor.  <<<
return new MEDCALC::FieldHandler(*fieldHandler);

ANNEXE A: Bug en cours

TO FIX:

  • la composition d’opérations n’est pas possible (ex: 2*f1+f2) car 2*f1 est indiqué comme non compatible (il semble qu’il n’ai pas la reference correcte vers le maillage).
  • le script de test test_medoperation.py plante si le module xmed n’a pas été chargé avec des données chargées.

ANNEXE B: Traçabilité avec le module XMED

Le module SALOME de nom XMED est l’espace de développement initial du composant logiciel MEDCalc, intégré aujourd’hui au module MED. Cette annexe est la notice technique de ce module, qui reste disponible mais qui n’est plus maintenu.

Gestion de configuration du module XMED

Les sources du module (répertoire xmed) sont archivés en dépôt de configuration dans une base git du projet NEPAL. Ils peuvent être récupérés au moyen de la commande:

$ git clone git@cli70rw.der.edf.fr:xom/xmed.git

Cette commande installe un répertoire xmed contenant l’ensemble des sources du module XMED.

Le module XMED a pour pré-requis logiciel la plateforme SALOME:

Le module XMED utilise également une bibliothèque interne au projet NEPAL, appelée XSALOME, et qui fournit une extension aux fonctions de SALOME pour un usage de développement (XSALOME signifie eXtension SALOME). Les sources de cette bibliothèque doivent être récupérés au moyen de la commande:

$ git clone git@cli70rw.der.edf.fr:xom/xsalome.git

Cette commande installe un répertoire xsalome contenant l’ensemble des sources de la bibliothèque XSALOME.

Note

La bibliothèque XSALOME n’est pas un module SALOME mais une simple bibliothèque de fonctions qui complète ou rend plus facile d’utilisation les fonctions de SALOME. Elle NE DOIT EN AUCUN CAS être intégrée à d’autres projets que les projets internes NEPAL ou MAILLAGE. Il s’agit en effet d’une bibliothèque de transition qui héberge des développements destinés à être reversés dans la plate-forme SALOME. Le contenu et les interfaces de XSALOME ne peut donc être garanti sur le long terme.

Installation et lancement de l’application

L’installation suppose qu’une version 6.1.3 de SALOME (ou plus) est disponible et que le shell de travail est étendu avec l’environnement de SALOME. En général, par des commandes de la forme:

$ . /where/is/salome/prerequis.sh
$ . /where/is/salome/envSalome.sh

La compilation des modules xsalome et xmed suit le standard SALOME. La bibliothèque xsalome est un prérequis à la compilation de xmed. Pour cela, la variable d’environnement XSALOME_DIR doit être spécifiée pour la configuration de la procédure de reconstruction de xmed:

$ export XSALOME_DIR=<xsalome_installdir>

Aprés l’installation de xmed, il est possible de générer automatiquement une application SALOME prête à l’emploi pour la manipulation de champs:

$ <xmed_installdir>/bin/salome/xmed/appligen/appligen.sh

Cette commande génére un répertoire appli à l’emplacement où elle est exécutée. Il reste à lancer l’application SALOME au moyen de la commande:

$ ./appli/runAppli -k

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